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El 5 de julio de 2003, Independiente recibía a San Lorenzo en última fecha del Torneo Clausura 2003. Era encuentro sin importancia, con varios jugadores no habituales en ambos bandos. Oscar Ruggeri, director técnico del club, decidió el ingreso del Kun a los 24 minutos del segundo tiempo en remplazo de Emanuel Rivas. Con 15 años, 1 mes y 3 días, Agüero es el jugador más joven en debutar en la Primera División argentina, batiendo el récord impuesto por Diego Maradona treinta años atrás. Su actuación, en el marco de un partido apático, fue en general bien recibida por la prensa. Su debut coincidió, casualmente, con la despedida de quien probablemente fuera el último ídolo del Rojo hasta su explosión: Gabriel Milito, quien luego partiría a España.
El diario deportivo Olé refirió:
Siete minutos después de entrar, Kun (así le dicen en el club) metió un lindo enganche y pasó con velocidad al ataque. Y luego una pared con Insúa. Lo mejor: un pique rompiendo la defensa y un centro que no pudo conectar Ayala. Bien, ¿no?
